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visualisez comment Omicron et ses sous-lignages ont supplanté les autres variants


Le virus originel du SARS-CoV-2, à l’origine de la pandémie de Covid-19 au début de 2020, a disparu depuis longtemps en France, laissant la place à plusieurs variants successifs, jusqu’à ce que le très contagieux Omicron, devienne majoritaire à la fin de décembre 2021. Avec ses différents sous-variants, il a largement contribué à trois vagues d’infections.

L’apparition de ce variant, qui présente de nombreuses mutations par rapport à la souche historique du virus, n’était pas une surprise : la détection par les laboratoires britanniques du variant Alpha fin 2020, la communauté scientifique sait que le SARS-CoV-2 peut muter.

Forte progression du sous-lignage BA.5

Il est possible d’observer la circulation d’un variant sur le territoire français grâce au séquençage : effectuée à partir de prélèvements RT-PCR de malades du Covid-19, cette technique de biologie moléculaire permet de lire le génome complet du SARS-CoV-2 et de détecter de nouvelles mutations. Les données peuvent ensuite être partagées sur la base internationale Gisaid (pour global initiative on sharing avian influenza data, « initiative mondiale sur le partage des données relatives à la grippe aviaire ») ou encore dans le système européen de surveillance TESSy du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

L’évolution de la part estimée pour chaque variant reste sujette à plusieurs biais (délai de publication, développement tardif du séquençage et évolutions de la stratégie nationale…), mais ces données, actualisées chaque semaine, montrent la progression du variant Omicron en France métropolitaine.

L’évolution des variants en France

Part des prélèvements séquencés et déposés dans TESSy, par semaine et par variant classé comme préoccupant. Le graphique ci-dessous indique le nombre de séquences disponibles. Données par semaine, allant de celle du à celle du . Les semaines les plus récentes pour lesquelles moins de 200 séquences sont disponibles ne sont pas ajoutées au graphique.

Source : TESSy, données publiées par l’ECDC.

Les points de vue et opinions des auteurs exprimés ici n’énoncent pas ou ne reflètent pas nécessairement
ceux de l’ECDC. L’exactitude de l’analyse statistique des auteurs et des conclusions qu’ils rapportent
ne relèvent pas de la responsabilité de l’ECDC. L’ECDC n’est pas responsable des conclusions ou des opinions
tiré des données fournies. L’ECDC n’est pas responsable de l’exactitude des données et
pour la gestion des données, la fusion des données et la compilation des données après la fourniture des données. L’ECDC
ne sera pas tenu responsable de l’utilisation abusive ou incorrecte des données.

Le tableau ci-dessous recense les caractéristiques des principaux variants, selon la classification de l’OMS, qui baptise chacun d’entre eux avec une lettre de l’alphabet grec, dénomination jugée moins « stigmatisante » que leur origine géographique. Les plus « préoccupants » (ou VoC pour variant of concern) sont listés pour leur transmissibilité, leur virulence ou encore la moindre efficacité des vaccins face à eux. Peuvent s’y ajouter des variants à suivre (VoI, pour variant of interest). Parfois, l’OMS déclasse certains variants lorsque leur circulation dimine.

Pour voir le détail, cliquez sursélectionnez une ligne.

Variants préoccupants dont ceux qui ne circulent plus

Variants à suivre

Susceptibles d’être plus transmissibles ou plus graves. Sont à l’origine d’une « transmission communautaire importante ou de plusieurs foyers de Covid-19, dans plusieurs pays ».

La technique de criblage, complémentaire au séquençage, permet de surveiller directement les mutations et leur évolution parmi les infections, au lieu de lire l’intégralité du génome du virus. Cette méthode ne permet pas d’identifier les variants, mais a l’avantage de pouvoir être employée à plus large échelle. Début août 2022, environ un quart des tests positifs au SARS-CoV-2 bénéficient d’un criblage chaque semaine, selon les données de SI-Dep, fichier qui recense les tests PCR et antigéniques.

Les derniers résultats montrent la progression de la mutation L452R (ou L452Q). Auparavant, cette mutation était portée essentiellement par Delta, et servait à l’identifier. Elle permet suivre l’évolution de certains sous-variants d’Omicron qui circulent, comme BA.4, BA.5 ou BA.2.12.1.

Les mutations les plus surveillées en France

Proportion des tests positifs criblés portant les mutations E484K, E484Q, L452R ou L452Q, et une combinaison de mutations spécifiques à Omicron « parmi les tests criblés où la mutation est recherchée et interprétable ». Données sur sept jours glissant allant du 31 mai 2021 au . A partir de fin décembre 2021, cette visualisation utilise les données correspondant à la nouvelle doctrine de criblage (.PDF).

Cet article est une republication d’une première version, publiée en septembre 2021, et actualisée régulièrement depuis.



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